In campo farmacologico la prevalenza dei rimedi era di origine vegetale. La coca occupava il posto più importante e veniva usata, masticata in foglia o come decotto, contro la diarrea, le coliche e le ulcere, ma erano noti anche altri prodotti ugualmente utili. Gli Inca usavano come purganti la radice di "huachanca" o il frutto del "molle",
un prodotto roseo simile al pepe, per cicatrizzare le ferite si
servivano delle foglie verdi del mais e per ridurre la febbre dei
decotti di cicoria o di fibra di cactus. Le foglie di "quinua" curavano la gola, quelle di "yuca" alleviavano i dolori reumatici e quelle dell'"apichu" distruggevano gli acari della pelle.
Le foglie di coca, comunque, erano usate anche per attenuare la fame e il dolore. I Chasqui
(messaggeri) le masticavano per un supplemento di energia quando
trasportavano, come corridori, i messaggi attraverso l'impero. Recenti
ricerche di Sewbalak e Van Der Wijk, studiosi dell'Erasmus University and Medical Center, hanno dimostrato che, contrariamente alle credenze popolari, gli Inca non erano dipendenti dalla coca.
Studi recenti hanno dimostrato che furono il primo popolo ad
utilizzare farmaci assunti grazie a contrazioni antiperistaltiche dei
muscoli del retto che li sospingevano all'interno del corpo.
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